Tanto este filme, como o anterior (Morte e Renascimento), caracterizam o "final alternativo" de Neon Genesis Evangelion. Por ser um final alternativo, os episódios 25 e 26 da série original são desconsiderados. "O Fim de Evangelion", assim como "Morte e Renascimento", é divido em duas partes: A primeira é a repetição de "Renascimento" com mais cenas e renomeado para "Air" (chamado também de "Episódio 25"). A segunda parte é chamada de "Heart" (ou "Episódio 26"). O filme mostra o verdadeiro final da série. Todos os acontecimentos de Neon Genesis Evangelion culminaram para esse ponto. O Terceiro Impacto começa e cabe a Shinji Ikari decidir o futuro da humanidade. Sem deixar os momentos de ação e de filosofia de lado (e também muitas indagações), "O Fim de Evangelion" é um final merecido para série.